複雑ネットワーク

2部グラフと、各々の集団内のネットワークの関係性

数学やグラフ理論では、すべての頂点をうまく2つの集合に分けたときに、自分の集団内に対しては枝がなく、相手の集団間に枝が存在するグラフのことを「2部グラフ」と定義しています。現実の世界での例を挙げてみます。 世界には様々な組織(大学、企業、高校…

巨大ネットワーク可視化ソフトCytoscape インストールと使い方

PythonのNetworkXやRのigraphによって巨大なネットワークの可視化を行いましたが、png出力ではノードやリンクが潰れてしまったり、リアルタイム表示すると処理が間に合わなかったりしました。そんなとき、今開発が進められているCytoscapeというソフトを見つ…

Python NextworkXの使い方

Rを用いて巨大なネットワークを可視化しようと試みていましたが、どうも綺麗に出力できない。。これは試作段階の情報量が少ないデータですが、Amazonの「この商品を買った人はこんな商品も買っています」をエッジとして商品を繋げたネットワークです。 特に…

R igraphのグラフをきれいに表示させる

巨大なネットワークをデフォルトの表示で出力すると潰れてしまう。。 plotにオプションが無いか調べたところ、わかりやすいブログを見つけました。 R+igraph問題「友好関係ネットワークから派閥を検出」 @kztakemoto さんによる解説記事 #R #igraph #sna - C…

統計処理ソフトR ファイルや出力の扱い方

大学の授業で統計処理ソフトRを学ぶ機会がありました。授業を履修する前から名前は聞いたことがありましたが、実際に触るのは完全に初めてです。その授業ではExcelで用いるような各種関数に加え、グラフ理論の意味での大規模データの可視化などに用いました…